大戸 陽平 / Yohei Ohto

東京大学大学院薬学系研究科 分子薬物動態学教室(楠原洋之 教授)の博士課程学生です。株式会社Preferred Networks(PFN)ではパートタイムエンジニアとして勤務しています。バイオインフォマティクスと機械学習を組み合わせて、創薬プロセスの加速に取り組んでいます。

I am a Ph.D. student in the Laboratory of Molecular Pharmacokinetics at the University of Tokyo and a part-time engineer at Preferred Networks. My work combines bioinformatics and machine learning for drug discovery.

Recent Activities / 最近の主な活動

Contact / 連絡先

Research Interests / 研究分野

  • 創薬のためのバイオインフォマティクス / Bioinformatics for drug discovery
  • 特許・文献への NLP(自然言語処理)の応用 / NLP for patents and scientific literature
  • 化合物反応・毒性の in silico 予測とその社会実装 / Computational prediction of chemical reactions and toxicity, and its practical application

Skills / 使用技術

  • Python(メイン)— データ解析・機械学習・NLP(scikit-learn, PyTorch, RDKit など)
  • C++(基礎レベル)
  • Web 開発(HTML / CSS / Jekyll)— 研究室ウェブサイト制作(楠原研究室、水野班)
  • 機械学習・データ — Hugging Face、vLLM、Elasticsearch、PubMed など
  • 研究・開発環境 — Git、Docker、Apptainer / Singularity、Slurm、FastAPI

Publications and Preprints / 論文・プレプリント

Defining and Evaluating Cell–Cell Relation Extraction from Biomedical Literature under Realistic Annotation Constraints

Published in bioRxiv, 2025

生物医学文献から細胞間の関係を抽出する課題を定義し、注釈付きデータを構築して複数のモデルを評価しました。

Recommended citation: Mei Yoshikawa, Tadahaya Mizuno, Yohei Ohto, Hiromi Fujimoto, Hiroyuki Kusuhara. (2025). Defining and Evaluating Cell–Cell Relation Extraction from Biomedical Literature under Realistic Annotation Constraints. bioRxiv preprint doi:10.1101/2025.12.01.691726.
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Exploring Multi-Objective Trade-offs in Reference Compound Selection for Validation Studies of Toxicity Assays

Published in arXiv, 2025

毒性評価の検証に用いる対照化合物の選定を、化学構造・物性・毒性の多様性を考慮する多目的設計問題として検討しました。

Recommended citation: Yohei Ohto, Tadahaya Mizuno, Yasuhiro Yoshikai, Hiromi Fujimoto, Hiroyuki Kusuhara. (2025). Exploring Multi-Objective Trade-offs in Reference Compound Selection for Validation Studies of Toxicity Assays. arXiv preprint arXiv:2505.07140.
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Conferences / 学会発表

日付学会発表形態会場タイトル
2026/10/27CBI学会2026年大会 (CBI Society Annual Meeting 2026)一般 (ポスター) / Posterタワーホール船堀Systematic Evaluation of Vocabulary Size in ModernBERT Models for the Pharmaceutical Domain
2025/10/28CBI学会2025年大会 (CBI Society Annual Meeting 2025)一般 (ポスター) / Posterタワーホール船堀Validity and application of temporal information extracted from patent information
2025/10/22第40回日本薬物動態学会(The 40th Annual Meeting of Japanese Society of Pharmacokinetics and Pharmacodynamics)招待講演 / Invited lecture京都市勧業館 みやこめっせ, 京都特許時系列情報の医薬品への適用の妥当性とその in silico 毒性予測への応用 / Validity and application of temporal information extracted from patent information
2024/10/04第18回次世代を担う若手のための医療薬科学シンポジウム (YCPS 18)一般 (口頭) / Oral presentation金沢商工会議所特許情報に基づく時間軸を考慮した毒性予測の検討 / Consideration of toxicity prediction incorporating temporal information from patent data
2024/03/30日本薬学会第144年会 (Pharmaceutical Society of Japan Annual Meeting 144)一般 (ポスター) / Posterパシフィコ横浜安全性評価手法の性能評価に向けた機械学習による対照化合物選定の検討 / Selection of reference compound list with machine learning toward validation of safety assessment methods
2024/02/23第15回日本安全性薬理研究会学術年会 (15th Annual Meeting of the Japanese Safety Pharmacology Society)一般 (ポスター) / Poster千里ライフサイエンスセンターSelection of reference compound list with machine learning toward validation of safety assessment methods

GitHub Activity / 開発活動

GitHubの年間活動を示す3Dグラフ


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