大戸 陽平 / Yohei Ohto
東京大学大学院薬学系研究科 分子薬物動態学教室(楠原洋之 教授)の博士課程学生です。株式会社Preferred Networks(PFN)ではパートタイムエンジニアとして勤務しています。バイオインフォマティクスと機械学習を組み合わせて、創薬プロセスの加速に取り組んでいます。
I am a Ph.D. student in the Laboratory of Molecular Pharmacokinetics at the University of Tokyo and a part-time engineer at Preferred Networks. My work combines bioinformatics and machine learning for drug discovery.
Recent Activities / 最近の主な活動
- 2026/11/19(開催予定): 第41回日本薬物動態学会 PRIS 2026 オーガナイザー・座長 — 大会プログラム
- 2026/10–現在: 株式会社Preferred Networks(PFN) パートタイムエンジニア
- 2026/08–09: 株式会社Preferred Networks(PFN) 夏期インターンシップ(ヘルスケア領域) 修了
- 2025/12: bioRxiv プレプリント公開 — “Defining and Evaluating Cell–Cell Relation Extraction from Biomedical Literature under Realistic Annotation Constraints”
- 2025/10: 第40回日本薬物動態学会 PRIS 2025 招待講演 — “特許時系列情報の医薬品への適用の妥当性とその in silico 毒性予測への応用”(みやこめっせ, 京都)
Contact / 連絡先
- Email: oy826c60@gmail.com
- GitHub: YoheiOhto
Research Interests / 研究分野
- 創薬のためのバイオインフォマティクス / Bioinformatics for drug discovery
- 特許・文献への NLP(自然言語処理)の応用 / NLP for patents and scientific literature
- 化合物反応・毒性の in silico 予測とその社会実装 / Computational prediction of chemical reactions and toxicity, and its practical application
Skills / 使用技術
- Python(メイン)— データ解析・機械学習・NLP(scikit-learn, PyTorch, RDKit など)
- C++(基礎レベル)
- Web 開発(HTML / CSS / Jekyll)— 研究室ウェブサイト制作(楠原研究室、水野班)
- 機械学習・データ — Hugging Face、vLLM、Elasticsearch、PubMed など
- 研究・開発環境 — Git、Docker、Apptainer / Singularity、Slurm、FastAPI
Publications and Preprints / 論文・プレプリント
Defining and Evaluating Cell–Cell Relation Extraction from Biomedical Literature under Realistic Annotation Constraints
Published in bioRxiv, 2025
生物医学文献から細胞間の関係を抽出する課題を定義し、注釈付きデータを構築して複数のモデルを評価しました。
Recommended citation: Mei Yoshikawa, Tadahaya Mizuno, Yohei Ohto, Hiromi Fujimoto, Hiroyuki Kusuhara. (2025). Defining and Evaluating Cell–Cell Relation Extraction from Biomedical Literature under Realistic Annotation Constraints. bioRxiv preprint doi:10.1101/2025.12.01.691726.
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Exploring Multi-Objective Trade-offs in Reference Compound Selection for Validation Studies of Toxicity Assays
Published in arXiv, 2025
毒性評価の検証に用いる対照化合物の選定を、化学構造・物性・毒性の多様性を考慮する多目的設計問題として検討しました。
Recommended citation: Yohei Ohto, Tadahaya Mizuno, Yasuhiro Yoshikai, Hiromi Fujimoto, Hiroyuki Kusuhara. (2025). Exploring Multi-Objective Trade-offs in Reference Compound Selection for Validation Studies of Toxicity Assays. arXiv preprint arXiv:2505.07140.
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Conferences / 学会発表
GitHub Activity / 開発活動
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